Agora, os 20 clubes sobreviventes das duas primeira etapas da competição se unem aos times que chegam da Libertadores (Palmeiras, Flamengo, Atlético-MG, Grêmio, Botafogo, Bragantino, Fluminense e São Paulo), além de Athletico-PR (via Brasileirão do ano passado), Ceará (campeão da Copa do Nordeste), Goiás (campeão da Copa Verde) e Vitória (campeão da Série B).

Os 32 times serão separados em dois potes, levando a consideração a colocação de cada um no Ranking Nacional de Clubes. As equipes de um pote enfrentarão as do outro. A ordem dos mandos de campo também será sorteada. As datas reservadas para a terceira fase da Copa do Brasil são os dias 1º e 22 de maio. Os times do pote 1 vão enfrentar os do pote 2.